Το εκκλησάκι της Παναγίας στο Κάτω Κουφονήσι είναι κτισμένο πολύ κοντά σε παλαιότερη βυζαντινή εκκλησία. Το εκκλησάκι χτίστηκε το 1561. Για να μην υπάρχουν προβλήματα με τους Τούρκους, αλλά και για να προστατευθεί από τους πειρατές, η εκκλησία έπρεπε να φαίνεται όσο το δυνατόν λιγότερο, γι’ αυτό επί Τουρκοκρατίας ήταν σχεδόν ημιυπόγεια. Ο χώρος γύρω από την εκκλησία διευρύνθηκε πολύ αργότερα, το 1970, ενώ το 1990 δημιουργήθηκε ημιυπαίθριο τμήμα, τουαλέτες, και υψώθηκε καμπαναριό.

Κάθε χρόνο το Δεκαπενταύγουστο, μετά τη λειτουργία, διοργανώνεται στο λιμάνι του Κάτω νησιού, μεγάλο πανηγύρι.